在国家公务员管理体系中，年度考核是一项重要的制度安排，其目的在于全面评估公务员的工作表现，确保政府机构高效运转和公共服务质量。然而，在实际操作过程中，部分公务员因能力不足或态度消极，导致连续两年在年度考核中被评为“不称职”。这种情况不仅影响了政府部门的整体效能，也损害了公众对公务员队伍的信任。

首先，对于连续两年被评为“不称职”的公务员，应当采取适当的管理措施。这包括但不限于岗位调整、培训提升以及必要时的职务降级等手段。通过这些方式，一方面可以帮助这些公务员改善工作状态，另一方面也能维护单位内部的公平竞争环境。同时，这样的处理也有助于树立正确的导向，激励其他公务员更加积极主动地投入到工作中去。

其次，除了针对个人行为进行管理外，还应加强组织层面的支持与监督。例如，建立健全科学合理的绩效评价体系，明确各层级职责分工；定期开展业务培训和技术交流活动，提高全体工作人员的专业水平；强化日常管理和纪律约束，杜绝任何形式的懈怠现象发生。

最后，值得注意的是，在实施上述措施时必须坚持实事求是的原则，充分考虑实际情况和个人差异性。只有这样，才能真正实现既定目标——即打造一支忠诚干净担当的高素质专业化公务员队伍，更好地服务于人民群众和社会发展大局。

综上所述，当发现有公务员连续两年在年度考核中被评为“不称职”时，应当及时予以关注并采取相应行动。这不仅是对公务员自身负责的表现，更是维护整个公务员系统健康发展的必要之举。希望每一位公务员都能够珍惜岗位机会，努力提升自我价值，在各自的领域内发光发热，共同推动我国公共事业不断向前迈进！